CRS4

A course in Next Generation Sequencing data analysis using Galaxy

Massimiliano Orsini, Gianmauro Cuccuru, Paolo Uva, Vincenzo De Leo, Andrea Pinna, Andrea Sbardellati, Nicola Soranzo, Antonella Travaglione, Giorgio Fotia
Technical Report , CRS4 - november 2012
Le tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing - NGS) hanno migliorato l'efficienza del sequenziamento rispetto al tradizionale metodo Sanger e stanno rivoluzionando vari settori della ricerca scientifca: sequenziamento di nuovi organismi, identifcazione di polimorfsmi nucleotidici, studi di espressione, etc. La produzione di questi dati ha subito reso necessario lo sviluppo di nuovi strumenti informatici per l’immagazzinamento, la gestione e l’analisi dei dati grezzi di sequenziamento. Attualmente un singolo laboratorio è in grado di produrre in pochi giorni una mole di dati pari a quella che generata in un anno da un centro di ricerca fno a qualche tempo fa. Il corso, strutturato in 5 giornate (40 ore), si propone di fornire ai partecipanti le basi teoriche e pratiche per l'analisi di dati di NGS, in particolare per quanto riguarda lo studio di microrganismi. Verranno presentati i principali campi di applicazione offerti dalla tecnologia NGS, le relative metodologie e gli algoritmi per l’analisi bioinformatica e gli strumenti attualmente disponibili.

BibTex references

@TechReport{OCUDPSSTF12,
  author       = {Orsini, M. and Cuccuru, G. and Uva, P. and De Leo, V. and Pinna, A. and Sbardellati, A. and Soranzo, N. and Travaglione, A. and Fotia, G.},
  title        = {A course in Next Generation Sequencing data analysis using Galaxy},
  institution  = {CRS4 },
  month        = {november},
  year         = {2012},
  type         = {Course and praticals material, IZS G. Caporale, Teramo},
  keywords     = {NGS, Galaxy, course, bioinformatics},
  url          = {http://publications.crs4.it/pubdocs/2012/OCUDPSSTF12},
}

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