Una piattaforma computazionale per lo screening di potenziali peptidomimetici a partire da grandi librerie chimiche (Personal communication, Convegno La chimica in Sardegna, Porto Conte)
Misc - 2011
Le interazioni proteina-proteina rivestono un ruolo cruciale in quasi tutti i processi biologici. La comprensione delle basi strutturali di queste interazioni può suggerire nuove strade nello sviluppo di composti in grado di interferire con quei meccanismi alla base di un processo patologico. Il peptide-based drug design (PBDD) è un'area estensivamente esplorata negli ultimi decenni, in quanto mimare l'attività dei peptidi è una delle sfide più importanti nel prossimo futuro della chimica farmaceutica.
I peptidomimetici sono composti in grado di riprodurre l'attività biologica di un peptide con l'ulteriore vantaggio di un relativo miglioramento dei profili farmacocinetico e farmacodinamico. Le strategie tradizionalmente utilizzate si basano sulla sostituzione di parti di un peptide bioattivo (sia nelle catene laterali che nel backbone) con elementi strutturali chimicamente più stabili, nonché sulla riduzione della flessibilità conformazionale. Di recente, abbiamo introdotto una strategia alternativa per la ricerca di composti peptidomimetici, basata sullo screening di grandi librerie virtuali di composti commerciali.
PepMMsMIMIC è uno strumento web-orientato per lo screening virtuale di una libreria di 17 milioni di conformeri ottenuti da 4 milioni di composti disponibili in commercio, collezionati nel database MMsINC. Utilizzando come input la struttura tridimensionale di un peptide complessato con una proteina, pepMMsMIMIC individua le strutture chimiche con maggior probabilità di mimare il meccanismo di riconoscimento proteina-proteina utilizzando criteri farmacoforici ed elettrostatici.
I peptidomimetici sono composti in grado di riprodurre l'attività biologica di un peptide con l'ulteriore vantaggio di un relativo miglioramento dei profili farmacocinetico e farmacodinamico. Le strategie tradizionalmente utilizzate si basano sulla sostituzione di parti di un peptide bioattivo (sia nelle catene laterali che nel backbone) con elementi strutturali chimicamente più stabili, nonché sulla riduzione della flessibilità conformazionale. Di recente, abbiamo introdotto una strategia alternativa per la ricerca di composti peptidomimetici, basata sullo screening di grandi librerie virtuali di composti commerciali.
PepMMsMIMIC è uno strumento web-orientato per lo screening virtuale di una libreria di 17 milioni di conformeri ottenuti da 4 milioni di composti disponibili in commercio, collezionati nel database MMsINC. Utilizzando come input la struttura tridimensionale di un peptide complessato con una proteina, pepMMsMIMIC individua le strutture chimiche con maggior probabilità di mimare il meccanismo di riconoscimento proteina-proteina utilizzando criteri farmacoforici ed elettrostatici.
Références BibTex
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